این مجموعه نرم‌افزاری به دلیل قابل دسترس بودن برای همگان (متن باز بودن)، قدرت و دقت بالا و همچنین افزوده شدن هر روزه قابلیت‌های جدیدتر از محبوبیت بالایی در بین شاغلین این حرفه برخوردار است.
در این کتاب سعی شده است که تمام قابلیت‌های اصلی این مجموعه به‌صورت تصویری و گام‌به‌گام آموزش داده شود. در فصول ابتدایی به معرفی مراحل توسعه و اکتشاف دارو پرداخته شده است. سپس در فصول میانی، به بررسی اجمالی مبانی استفاده از این نرم‌افزار و در فصول انتهایی به آموزش نحوه استفاده از قابلیت‌های این مجموعه اختصاص داده شده‌اند.

قسمت اول | مباحث پایه
فصل اول: مقدمه       
1-1. تاریخچه پیدایش داروها   
1-2. فرایند رایج تحقیق و توسعه در اکتشاف دارو   
1-3. فاز اکتشاف   
1-3-1. اکتشاف هدف   
1-3-2. فرآیند کشف ترکیبات اتفاقی "هیت"   
1-3-3.  دستیابی به ترکیب الگو از ترکیبات هیت   
1-3-4. بهینه سازی ترکیب الگو   
1-4. فاز توسعه داروئی   
1-4-1. بررسی ویژگیهای فارماکوکینتیک روی مدلهای حیوانی   
1-4-2. کارآزماییهای بالینی   
5-1. زمان و هزینه فرایند طراحی و توسعه دارو   
فصل دوم: طراحی با کمک رایانه   
2-1. مقدمه   
2-2. رهیافت های اصلی در طراحی دارو با استفاده از رایانه (CADD)   
2-2-1. طراحی دارو مبتنی بر ساختار (SBDD)   
2-2-2. طراحی دارو مبتنی بر لیگاند (LBDD)   
2-3. داکینگ مولکولی   
قسمت دوم | تئوری
فصل سوم: شروع کار   
3-1. اتوداک 4.2   
3-2. اتوداک وینا   
فصل چهارم: تئوری اتوداک   
4-1. بررسی اجمالی تابع امتیازدهی انرژی آزاد   
قسمت سوم | شروع به کار
فصل پنجم: نصب نرم افزارها   
5-1. دانلود و نصب اتوداک 4.2 و ADT   
5-2. دانلود و نصب اتوداک وینا   
قسمت چهارم | مباحث تخصصی
فصل ششم: استفاده از اتوداک 4.2   
6-1. مرحله اول- اماده سازی فایل های ورودی   
6-1-1. ایجاد فایل های PDBQT در AutoDockTools   
6-2. مرحله دوم- اجرای AutoGrid   
6-2-1. ایجاد فایل های پارامتر شبکه در AutoDockTools   
6-3. مرحله سوم- انجام داکینگ بوسیله AutoDock   
6-3-1. انتخاب پروتکل   
6-3-2. ایجاد فایل های پارامتر docking در ADT   
6-4. مرحله چهارم- ارزیابی نتایج یک Docking   
6-4-1. اطلاعات موجود در Docking Log   
6-4-2. تجزیه و تحلیل نتایج Docking با ADT   
فصل هفتم: داکینگ ساده با اتوداک 4.2   
7-1. آماده سازی فایل های ورودی   
7-1-1. آماده سازی فایل ورودی برای لیگاند   
7-1-2. آماده سازی فایل ورودی برای گیرنده   
7-2. ایجاد نقشه های شبکه و فایل پارامتر شبکه   
7-3. ایجاد فایل پارامتر داکینگ   
7-4. آنالیز نتایج   
فصل هشتم: داکینگ ساده با اتوداک وینا   
8-1. ایجاد فایل تنظیمات پیکربندی   
8-2. اجرای داکینگ   
8-3. آنالیز نتایج   
فصل نهم: داکینگ انعطاف پذیر با اتوداک وینا   
9-1. آماده سازی فایل گیرنده   
9-2. ایجاد فایل تنظیمات پیکربندی   
9-3. اجرای داکینگ   
9-4. آنالیز نتایج   
فصل دهم: پیش بینی محل اتصال یک گیرنده   
10-1. رویکرد اول   
10-2. رویکرد دوم   
منابع